Dal 1999 a metà 2003 il complesso monumentale dell'ex Chiesa di Santa Rita è stato oggetto di lavori di manutenzione.
Tali lavori hanno riguardato i prospetti esterni, la sala a pian terreno e gli ambienti superiori.
I prospetti esterni sono stati sottoposti ad accurata pulitura che ha restituito al travertino il colore originario. Le stuccature inidonee sono state rimosse o abbassate e sostituite.
Sulle parti a stucco si è intervenuti con il consolidamento, il trattamento degli elementi in ferro scoperti, la stuccatura di tutte le lesioni presenti. Tutti gli intonaci dei prospetti sono stati sottoposti a tinteggiatura previa realizzazione di indagini stratigrafiche.
La sala al pian terreno era stata resa inagibile a causa di distacchi di parti del cornicione, di porzioni dell'intonaco di volta e di modanature di pregio.
Il restauro conservativo, che ha interessato le strutture in travertino, finto travertino e marmo, ha comportato prima il consolidamento delle parti cadute mediante iniezioni di malta idraulica, inserimento di perni, riadesione e ricostruzione e poi il vero e proprio restauro conservativo e pittorico con pittura e discialbo, consolidamento e ricostruzione degli elementi lapidei e in travertino.
Questa operazione ha interessato anche gli stucchi e le altre decorazioni secentesche sopravvissute alla ricostruzione novecentesca.
È stata in questo modo rispettata e ricreata la struttura architettonica originaria, con la partizione dello spazio mediante altre lesene, capitelli e cornici modanate in travertino.
Le volte dell'aula centrale e del pronao sono state riportate alla coloritura originaria.